Kyrksjön har idag inget egentligt utlopp, utan avrinningen sker helt och hållet via avdunstning, infiltration i mark och inläckage till avloppsledningar och tunnlar. Inläckage har i tidigare utredningar konstaterats ske bl.a. till en spillvattenledning vid Vassvägen samt till en avloppstunnel som passerar under ett dike som Kyrksjön står i förbindelse med. Troligtvis avvattnas Kyrksjön i dagsläget helt eller delvis via sådana inläckage till spillvattenledningar och tunnlar vilket innebär att vattnet från Kyrksjön leds till Bromma reningsverk.
Eftersom delar av Kyrksjöns vatten leds till reningsverk, och det i egentlig mening är för rent att ledas dit, har Stockholm Vatten för avsikt att ändra flödesförhållandena i området mellan Kyrksjön och Råcksta träsk. Planerna består i att upprätta avrinning från Kyrksjön till Råcksta Träsk via en pumpstation vid Bällstavägen, som pumpar vidare till en befintlig ledning mot Råcksta Träsk via en ny tryckavloppsledning. Eventuellt ersätts befintlig ledning på en delsträcka av ett öppet dike för att öka kapaciteten för avledning av dagvatten från exploatering vid Beckomberga sjukhus. Projektet är finansierat av Miljömiljarden.
Genomförd 2009