Med Saltsjön avses vattenområdet från Slussen och Strömbron i väster till Blockhusudden i öster. Stränderna är branta och vattendjupet är stort, som mest 40 meter vid Blockhusudden. Utflödet från Mälaren kommer till allra största delen genom Norrström, vid höga flöden också genom Karl Johan-slussen och vid mycket höga flöden genom Hammarbyslussen.
Läs mer om miljötillståndet nedan, och klicka på fliken "Åtgärder" för att läsa om genomförda, pågående och planerade åtgärder.
Utflödet av sötvatten från Mälaren spelar stor roll för skiktning, syreförhållanden, vattenkemi och biologi. Halterna av fosfor och kväve påverkas starkt av avloppsreningsverkens utsläpp. Halterna minskade i mitten av 1990-talet när reningsverken kompletterades med kväverening och filtersteg, men är fortfarande mycket höga.
Den förbättrade reningen medförde också att siktdjupet ökade och att bakterietalen minskade. Siktdjupet är nu åter litet och klorofyllhalterna är mycket höga. Bakterietalen mitt i Saltsjön är förhöjda, men oftast inte så höga att badvattenkvaliteten bedöms som otjänlig. Mängden blågröna alger är liten i Saltsjön. Syreinnehållet i bottenvattnet brukar vara litet under hösten.
Metallhalterna i Saltsjöns sediment är måttliga till höga, kvicksilverhalterna är mycket höga. De högsta halterna har påträffats utanför Beckholmen. PAH-och PCB-halterna är mycket höga. Halterna av metaller (bly, nickel och kadmium) i vattnet ligger under miljökvalitetsnormerna för prioriterade ämnen enligt vattendirektivet men uppnår inte god status för koppar och zink enligt Havs- och vattenmyndighetens förslag till nationella bedömningsgrunder för särskilda förorenande ämnenrespektive Naturvårdsverkets förslag till nationella gränsvärden. Den stationära rovfisken (gädda och abborre) innehåller förhöjda halter av kvicksilver. Undersökningar som Miljöförvaltningen låtit göra 2007 visade att medelhalterna i abborre låg nära EUs gränsvärdet (0,5 mg/kg) för saluhållande av fisk som livsmedel men klart över miljökvalitetsnormen enligt vattendirektivet som ligger på 0,02 mg/kg.
