Fysisk påverkan
ArtikelFysiska förändringar av vattenmiljön
Hårdgjorda ytor i närområdet runt Magelungen och förändringar i strandzonsvegetationen påverkar sjöns morfologiska status. Nästan hälften av närområdet och en tredjedel av svämplanet utgörs av anlagda ytor. Det finns även flera vandringshinder nedströms Magelungen som helt hindrar uppvandringen av fisk och ål till sjön samt resten av Tyresåns sjösystem.