De flesta vattenområdena i Stockholm är eutrofa, d.v.s. näringsrika. Det beror både på naturlig förekomst av näringsrika och kalkhaltiga glacialleror i avrinningsområdena och på föroreningar orsakade av mänskliga aktiviteter. Östra Mälaren utgör ett undantag, liksom sjöarna Flaten och Judarn, som har låga till måttliga halter av näringsämnena fosfor och kväve.
De viktigaste måtten för att följa tillstånd och trender i ytvatten är kemiska - fysikaliska faktorer som t ex näringsämnen/eutrofiering och siktdjup.
Vattenkvaliteten i Stockholms samtliga sjöar och Mälar- och Saltsjövikar följs regelbundet genom Stockholm Vattens recipientkontroll.
Miljöbarometern