Miljöbarometern
Syre är livsviktigt för de flesta organismer, och låga syrgashalter vid botten kan leda till bottendöd. Vissa bakterier kan klara de låga syrenivåerna, och dessa bildar svavelväte vid nedbrytning av organiskt material. Därför används halten svavelväte som en indikator för syreförhållandena i botten vid syrebrist.
Anledningen till att vatten blir syrefattigt eller syrefritt är många, och halterna varierar naturligt under året. Efter vår- och sommarblomningen av alger i vattnet sjunker syrehalterna då det finns mer organiskt material som ska brytas ner, vilket kräver syre. Även under perioder med mer tillrinning av t.ex. humusämnen kan syrenivåerna sjunka. Ökade algblomningar på grund av övergödning kan därför leda till minskade syrgasnivåer i bottnen. Minskade syrgasnivåer kan även leda till internbelastning av sjön, då fosfor frigörs från bottensedimentet och leder till ökad övergödning trots oförändrad extern påverkan. Detta kan leda till t.ex. ökade blomningar av cyanobakterier under sommaren.
Djupare sjöar har ofta lägre syrenivåer i bottenvattnet då omblandningen av sjöns vatten ofta är sämre, speciellt under vinter och sommar då en naturlig temperaturskiktning av vattnet bildas. Detta gör att vattnet närmast bottnen ligger relativt still, och inte syresätts i samma utsträckning som ytvattnet. Eftersom syrehalten i bottenvattnet påverkas i stor utsträckning av sjöns djup är det svårt att jämföra syrehalter mellan olika sjöar.