Brunnsviken står i kontakt med Lilla Värtan genom kanalen i Ålkistan. Vattenutbytet är stort och betyder mycket för omsättningen i Brunnsviken. Näringsinnehållet i ytvattnet har minskat, men Brunnsviken är fortfarande mycket näringsrik med måttligt till litet siktdjup och blomningar av blågröna alger. Det inströmmande salta och tunga vattnet bildar ett tidvis stagnant bottenvatten med syrebrist, ofta även svavelväte. Fosforhalten i bottenvattnet kan vara mycket hög. För att förbättra vattenutbytet pumpas bottenvattnet periodvis ut till Lilla Värtan.
Stockholm Vatten fick medel från Miljömiljarden för att förbättra utpumpningen av bottenvattnet så att den gör större nytta och blir mer kostnadseffektiv.
Genomförs kontinuerligt