Bottenfauna är de små djur som lever i sedimentet. Genom att titta på vilka arter som finns kan man få en indikation på de förhållanden som förekommer i vattnet eller sedimentet.
ASPT (Average Score Per Taxon)-provtagning utförs i littoralen, eller de grundare delarana av sjön. Det är ett ganska komplicerat index där olika arter får poäng baserat på deras kännslighet för olika typer av påverkan, så som av belasting av näringsämnen och organiska föreningar, eller förändrade livsmiljöer. Detta räknas sedan om till ett gemensamt värde som används i bedömningen för ekologisk kvalitet.
För att statusklassa det uträknade ASPT-värdet måste man ta hänsyn till sjötyp, djup samt andra påverkande faktorer. Detta resulaterar i en ekologisk kvot (EK). Det är den ekologiska kvoten det finns gränsvärden och miljökvalitetsnormed för, och som redovisas här.
Utvecklingen går åt fel håll sedan 2013