Staden arbetar också med att skydda de ekologiskt mest funktionella naturområdena med naturreservat och andra skyddsformer såsom biotopskydd.
Den blågröna infrastrukturen är en förutsättning för att stadens biologiska mångfald ska kunna värnas långsiktigt. Strukturen utgör en källa till ekosystemtjänster för Stockholms invånare. Många naturkvaliteter – naturtyper, processer och spridningssamband för olika arter – har utvecklats under lång tid och kan vara mycket svåra att återskapa. Genom medveten planering kan fragmentering och påverkan på livsmiljöer och spridningsvägar minskas.
Handlingsplan för biologisk mångfald pekar ut följande naturkvaliteter som strategiskt viktiga att fokusera på för Stockholms biologiska mångfald:
