En biotop är ett landskapsavsnitt med relativt enhetlig karaktär, struktur och artsammansättning, t ex ett öppet kärr, en torräng eller en granskog. En och samma biotop kan innehålla många olika livsmiljöer för växter och djur, men kan samtidigt utgöra endast en del av en livsmiljö för en viss art.
Biotopdatabasen innehåller detaljerad ekologisk information om stadens mark- och vattenområden, inklusive bebyggd mark. Dels finns huvudklasser av skog, vatten, öppen mark m.m., dels en finindelning i olika biotoper med tillhörande attribut såsom dominerande trädslag, fuktighet, markanvändning m.m. Till biotopdatabasens kartskikt med ytor hör även ett punktskikt med ekologiskt viktiga landskapselement: torrbackar, hällar, småvatten och små våtmarker.
Biotopdatabasen är central i stadens miljöövervakning av biologisk mångfald, eftersom den utgör grund för andra analyser av djur- och växtlivets behov. Verktyget är också välanvänt inom fysisk planering, tillsynsarbete, miljömålsuppföljning, åtgärdsförslag m.m. Vid uppdatering kan databasen användas för att följa förändringar i stadens markanvändning och skötsel.
Stockholms biotopdatabas har rönt stort intresse både inom Sverige och internationellt. Nuvarande biotopdatabas har tagits fram utifrån en länsomfattande metodik som utvecklats av Stockholms Universitet. Den speglar Stockholmsnaturen som den såg ut 2019.
Biotopdatabas 2019 kan nås via Miljödataportalen (se länk nedan) samt via stadens interna kartverktyg dpMap.