Kärlväxtarterna, dvs alla örter, gräs, halvgräs, ormbunkar, fräken och lummer, är många i Stockholm. Stadens flora har en blandning av växter som fanns i det tidigare jordbrukslandskapet och sådana som förts in till de urbana miljöerna i modernare tid. Totalt rör det sig om uppåt 2 000 arter.
Stockholms stad är ett av landets mest välinventerade områden, där många kunniga botanister samlat växter. Av den särskilt skyddsvärda floran finns idag kvar ett 100-tal arter som är med på den nationella s k rödlistan. Dessa utgör en dryg tredjedel av de rödlistade arter som historiskt noterats i kommunen.
Exempel på ovanliga kärlväxter som trivs i rester av gamla slåtter- och betesmarker är backsippa och korskovall. I stenstadens mer omrörda miljöer har konkurrenssvaga rödlistade arter som paddfot, spetsfingerört och knippnejlika etablerat sig.