I Stockholm möts Mälarens söta och Östersjöns bracka vatten. Detta ger påverkanskällor både från stora landområden, samt från havet. Det går även mycket sjöfartstrafik genom stadens vatten, och förekomsten av fritidsbåthamnar är stor, vilket kan leda till större utsläpp av miljögifter från t.ex. båtbottenfärger.
Vattenförekomsterna Brunnsviken, Strömmen och Lilla Värtan sammanfattas här under benämningen Kustvatten. Med Strömmen avses här vattenområdet från Stockholms ström och Karl Johanslussen i väster till Blockhusudden i öster samt Hammarby Sjö och Djurgårdsbrunnsviken. Lilla Värtan sträcker sig från Fjäderholmarna i öster till Edsviken i norr och innefattar även Husarviken.
