Föroreningarna på Beckholmen kommer främst från den hantering av trätjära som startade i början av 1600-talet och avslutades först i slutet av 1800-talet. Föroreningar kommer också från varvsverksamhet som pågått på platsen sedan tidigt 1800-tal. Dominerande föroreningar är bly, kvicksilver och PAH (polycykliska aromatiska kolväten), men även arsenik, koppar och zink.
Kungliga Djurgårdens Förvaltning (KDF) har beviljats statliga bidrag om ca 200 Mkr till en omfattande sanering av marken på Beckholmen. Förorenade schaktmassor grävs ur ned till Saltsjöns medelvattennivå eller till berg och byts ut mot rena massor. Transporter av schaktmassor till och från ön sker med båt.
Genomförd 2014