Kustvatten är inte bara mottagare av vatten från stora landområden uppströms, de påverkas också av vattenutbytet med utanförliggande fjärdar. Påverkansbilden för dessa vatten är därför ofta komplex. Strömmen, Lilla Värtan och Brunnsviken utgör stadens kustvatten som en del av Östersjön. Stadens flerhundraåriga utveckling med hamnar, industrier, verksamheter samt en omfattande båttrafik i och kring dessa vatten återspeglas i vattenförekomsternas vattenkvalitet och förekomst av växt- och djurliv.
Nedan finns mer information om dessa vatten. Med Strömmen avses här vattenområdet från Stockholms ström och Karl Johanslussen i väster till Blockhusudden i öster (även kallad Saltsjön) samt Hammarby Sjö och Djurgårdsbrunnsviken. Lilla Värtan sträcker sig från Fjäderholmarna i öster till Edsviken i norr och innefattar även Husarviken.
