Eken är värd för en mängd andra arter och för med sig stora naturvärden, men hotas generellt av igenväxning och brist på föryngring. Ogynnsam skötsel, där man inte gallrat för att ekarna ska få solinstrålning och växa sig stora, orsakar stora förluster av arter som är knutna till ek.
Miljömiljardprojektet "Stockholms unika ekmiljöer" genomfördes 2005-2007 inom vilket stadens viktiga ekområden, jätteekar och deras sköteselbehov identifierades och beskrevs i en rapport. Det digitala kartunderlaget som togs fram, Ekdatabasen, finns idag tillgängligt via stadens öppna data (Dataportalen) samt i stadens interna kartverktyg. 2017 uppdaterades Ekdatabasen med avseende på skötselstatus för ekarna samt kompletterades med jätteekar som inte hade upptäckts tidigare. Rapporten från uppdateringen och den ursprungliga rapporten kan laddas ner här intill.
Stockholm stad planerar och genomför åtgärder som gynnar ekmiljöer. Ett stort antal ekdungar gallras och röjs som en del av satsningen Grönare Stockholm. På så sätt gör vi också en insats för över 1 500 andra arter som är mer eller mindre är beroende av eken som livsmiljö.