Eken är värd för en mängd andra arter och för med sig stora naturvärden, men hotas generellt av igenväxning och brist på föryngring. Ogynnsam skötsel, där man inte gallrat för att ekarna ska få solinstrålning och växa sig stora, orsakar stora förluster av arter som är knutna till ek.
Miljömiljardprojektet "Stockholms unika ekmiljöer" genomfördes 2005-2007 inom vilket stadens viktiga ekområden, jätteekar och deras sköteselbehov identifierades och beskrevs i en rapport. Det digitala kartunderlaget som togs fram, Ekdatabasen, finns idag tillgängligt via stadens öppna data (Dataportalen) samt i stadens interna kartverktyg. 2024 och 2017 uppdaterades Ekdatabasen med avseende på skötselstatus för ekarna samt kompletterades med jätteekar som inte hade upptäckts tidigare. 2024 eftersöktes dessutom den skyddsvärda insekten brun guldbagge i alla fältinventerade jätteekar. Rapporterna från uppdateringarna och den ursprungliga undersökningen kan laddas ner här intill.
Stockholms stad genomför löpande åtgärder som gynnar ekmiljöer. Bland annat har ett stort antal ekdungar gallrats och röjts som en del av satsningen Grönare Stockholm. På så sätt gör vi också en insats för över 1 500 andra arter som är mer eller mindre är beroende av eken som livsmiljö.