Det finns ett antal större markägare/markförvaltare inom Brunnsvikens avrinningsområde, exempelvis Statens Fastighetsverk, Kungliga Djurgårdsförvaltningen och Akademiska hus. Dessa har sannolikt till viss del privat utbyggt avloppsledningsnät och anläggningar.
Sannolikt finns privata dagvattenutlopp till Brunnsviken, samt i vissa fall även privata avloppspumpstationer. Det finns en risk att detta ledningsnät för med sig orenat spillvatten via dagvatten.
Ledningsnät och tillhörande anläggningar bör kartläggas och det bör säkerställas att verksamheterna inte medför negativ påverkan på Brunnsviken.