Den ekologiska status bedöms till måttlig på grund av övergödning samt parametrar som relaterar till Igelbäckens konnektivitet och morfologiska tillstånd.
Problemen går att härleda till att Igelbäckens avrinningsområde till stor del går genom jordbruksmark, och den uträtning av Igelbäcken som pågick fram till sekelskiftet 1900. I samband med utbyggnaden av stadsdelen Rinkeby-Kista kopplades också dagvatten från en betydande del av bäckens naturliga avrinningsområde bort för att istället ledas till Järva dagvattentunnel. Detta innebär att mindre vatten når Igelbäcken än innan.
I dagsläget tillsätter Stockholm Vatten och Avfall AB vatten till Igelbäcken under torrperioder för att undvika att bäckfåran blir helt torrlagd. Tillsättningen motsvarar ett flöde om 5 L/s.
Utslagsgivande för Igelbäckens kemiska status är de höga halterna PFOS, som är de högst uppmätta PFOS-halterna bland Stockholm stads vattenförekomster.