Lilla Värtan är påverkad av förhöjda halter näringsämnen och olika miljögifter. Stränderna har till stort del byggts bort, fyllts ut och ersatts av kajer. Detta har gjort att naturliga livsmiljöer för växer och djur försvunnit.
Fosfor tillförs Lilla Värtan främst från Mälaren, via Strömmen, och från utanförliggande kustvatten. Även reningsverken (via Strömmen) står för en betydande del, liksom läckage från bottensedimenten. Tillförseln av fosfor från land, via dagvatten och bräddningar, från de fem kommunerna inom avrinningsområdet utgör endast ca 0,2% av den total fosfortillförseln.
Miljögifter som överskrider gränsvärden är koppar, zink, antracen, bly och TBT. Den lokala påverkan från land är större för miljögifter jämfört med näringsämnen. Många historiska föroreningar ligger lagrade i sedimenten som så kallade ”hotspots”. En enkel sammanställning över storleksordningar av källor till miljögifter i Strömmen och Lilla Värtans sediment har gjorts. Denna tyder på att spridning via reningsverk och dagvatten förklarar en stor del av mängderna av koppar, zink och kadmium i ytligt sediment, medan mängderna av PAH (antracen och fenantren) samt bly och TBT tillförs via andra källor, såsom omrörning av gamla förorenade sediment, båtar och hamnar.
Vid sidan om dagvatten är förorenad mark, förorenade sediment och internbelastning från sediment viktiga föroreningskällor att beakta i det fortsatta åtgärdsarbetet för bättre vattenkvalitet. Även sjöfart samt punktkällor, bräddningar från avloppsnät och verksamheter på land och i vatten behöver åtgärdas.
Lilla Värtans strandzoner och grundområden behöver utvecklas och skyddas från erosion och vågrörelser. Nya livsmiljöer för fisk behöver också skapas på land.
För att MKN för Lilla Värtan ska kunna följas krävs även omfattande åtgärder i angränsande vattenförekomster. Det är även viktigt att lyfta åtgärdsbehovet med andra instanser och myndigheter som har rådighet över områden som kan påverka möjligheterna att följa MKN.
