Mälaren är en reglerad sjö, tappningen av vatten sköts av Stockholms Hamnar på uppdrag av Stockholms stad. Mälaren började regleras 1943 enligt den första vattendomen för sjön. Syftet var att motverka översvämningar av jordbruksmark, men också att undvika alltför låga vattenstånd. En ny reglering började tillämpas under 1968. Den nuvarande vattendomen är från 1989, men när nya Slussen är färdigbyggd kommer regleringen av Mälaren att ske enligt ny vattendom.
Vatten kan släppas ut ur sjön i Stockholm och Södertälje. Tappningskapaciteten, d.v.s. den mängd vatten som man kan få ut ur Mälaren till Saltsjön, är idag dryga 800 m³/s. Ju större nivåskillnaden är mellan Mälaren och Saltsjön desto mer vatten går det att tappa ut. Den genomsnittliga nivåskillnaden är idag 68 cm. När vattenståndet är lägre än 410 cm är alla dammluckor och övriga tappställen i Södertälje och Stockholm stängda. När vattennivån överstiger 410 cm öppnas dammluckan vid Riksbron. Därefter öppnas olika luckor i en bestämd ordning, sist öppnas luckan i Karl Johan-slussen. Om vattenståndet är högre än 460 cm över slusströskeln, påbörjas även avtappning vid slussarna i Hammarby och Södertälje.