Antimikrobiella ämnen är en samling av ämnen av olika typ med det gemensamt att de hämmar bakterie- och mögeltillväxt. Antimikrobiella ämnen kan användas till exempel i kläder, vitvaror eller hygienartiklar för att förhindra bakterie- och mögeltillväxt och dålig lukt. Problem uppstår då ämnena lätt tvättas ur sina produkter och hamnar i reningsverkens slam och våra vattendrag. Två exempel på antibakteriella ämnen är silver och triclosan.
Silverjoner är mycket giftiga för fiskar och andra vattenlevande organismer, men även för t.ex. bakterier. Därför används silver som bakteriedödare inom sjukvården, men kan också finnas i vitvaror och invävt i textilier. Triclosan är ett giftigt antibakteriellt ämne som kan orsaka skadliga långtidseffekter i vattenmiljön. Det används framförallt i tandkräm och deodoranter. Det bryts ner långsamt i naturen och man hittar triclosan både i bröstmjölk, i stadsluft och i fisk utanför reningsverken. Triclosan kan även framkalla allergier. Det misstänks kunna bidra till att bakterier blir resistenta mot antibiotika.