Stockholms fågelfauna är relativt artrik för en storstad, mycket beroende på variationen av livsmiljöer i stadens blågröna infrastruktur. Fåglar har ofta lätt att sprida sig, men uppsplittring av landskapet påverkar artsammansättningen. Exempelvis behöver sånglärka stora öppna gräsmarker, medan tofsmes och talltita föredrar sammanhängande ytor av äldre barrskog.
Svarthakedopping hör till de litet ovanligare fågelarterna man kan få se i Stockholm, bland annat i Kyrksjölötens naturreservat. Hägerkolonin vid Isbladskärret på Djurgården är en annan sevärdhet.
De flesta av landets rovfågel- och ugglearter besöker Stockholm, men endast knappa hälften av dem häckar här. Till de senare hör duvhök, som gynnas av stadens rikliga tillgång på kråkfåglar och duvor. Duvhöken behöver äldre, kraftiga träd för sina risbon.
För att gynna stadens fågelliv sätts fågelholkar upp och bärande träd och buskar planteras. Många andra insatser för biologisk mångfald gynnar även fåglarna, t ex nya våtmarker och smådammar eller utläggning av stenmassor som kan tjäna som häckplatser för sjöfåglar.
Om sommaren bygger gärna tornseglare bo under stadens takpannor. Den sällsynta arten svart rödstjärt är också knuten till stenstaden; 2020 hördes den sjunga från riksdagshusets tak! Under vintrarna samlas tusentals sjöfåglar i de öppna vattnen vid Norrström, där staden bedriver fågelmatning sedan 1950-talet.