Kiselalger (påväxtalger) är viktiga primärproducenter i rinnande vatten. Eftersom de har tolerans eller preferens för olika miljöförhållanden används de allmänt i Europa för att statusklassificera vattendrag enligt EU:s ramdirektiv för vatten.
Undersökningsmetoden innebär att stenar samlas in längs en provtagningssträcka som är representativ för lokalen med avseende på bottensubstrat, vegetation, vattendjup, vattenhastighet och beskuggning. Minst fem stenar borstas av och påväxtmaterialet sköljs ner i en behållare. Om det inte finns stenar kan prov tas från vattenväxter. Kiselalgsanalyserna görs i ljusmikroskop i minst 1000 gånger förstorning.
Statusklassningen görs med hjälp av kiselalgsindexet IPS som visar påverkan av näringsämnen och lättnedbrytbar organisk förorening i ett vattendrag. I gränsfall mellan klasser beaktas även andra stödparametrar. Missbildningar på kiselalger kan vara en indikation på förekomst av någon annan typ av föroreningsbelastning t.ex. metaller eller bekämpningsmedel.