Provtagning genomförs en gång i månaden i tre vattendrag. Prover tas vid Bällstaåns mynning strax uppströms Solvalla, i Forsån vid Nynäsvägen och i Igelbäcken vid Slottsallén i Solna. Indikatorn visar medianvärdet av årets tolv provtillfällen. I Mälarens utflöde, vid Centralbron, tas prov varje vecka. Denna indikator visar ett medianvärde av alla veckor.
Totalfosforhalten ska minska i Stockholms vattendrag, eller bibehållas i de vattendrag som idag har låga eller måttliga halter. I vattendrag redovisar man inte augustivärden, som för sjöar och kustvatten, utan istället årsmedianvärden. Detta är för att vattnet i vattendragen rör sig mer, och rörelsen av fosfor mellan vatten och sediment är inte lika påtaglig som i annat vatten.