De flesta av Stockholms sjöar och vattendrag är övergödda. Det förekommer dock stora skillnader beroende på naturgivna förutsättningar samt yttre påverkan. Det är främst höga halter av fosfor som bidrar till övergödningen och man kan se effekter genom försämrat siktdjup, förändrad växtlighet, algblomningar och förändringar i djursamhället. Ibland kan algblomningarna bli så omfattande att det påverkar möjligheterna till bad och fiske.
Även om det främst är fosfor som är tillväxtbegränsande i sjöar och vattendrag kan även höga halter av kväve bidra till övergödningen. I kustvattnet är det inte är ovanligt att kväve är begränsande under vissa tider, främst lite längre ut från staden. Höga halter av näringsämnen leder till en ökad förekomst av växtplankton i vattnet som i sin tur resulterar i sämre siktdjup och en ökad nedbrytning på botten med lägre syrehalter till följd. För att utvärdera följdeffekterna av höga halter av näringsämnen mäts även syrehalten och siktdjupet.
Generellt är vattenkvaliteten bäst i sjöar i avrinningsområden där det inte finns så mycket vägar och bebyggelse, som exempelvis Judarn och Flaten.
Provtagning i Stockholm
Vattenkvaliteten i Stockholms samtliga sjöar och Mälar- och Saltsjövikar följs regelbundet genom Stockholm Vattens recipientkontroll.
