Uggleviken var fram till 1700-talet en del av samma vik som Husarviken, Laduviken och Storängsbotten. Pga. landhöjningen saknar Uggleviken idag fri vattenyta och är ett igenväxande alkärr, i mitten med partier av bladvass. Uggleviken är pga. sin storlek och relativa orördhet Stockholms förnämsta fuktlövskog och har klassats som ett område av mycket stort naturvärde. Botaniskt är området ett av de intressantaste i Stockholm med sällsynta arter som norrlandsstarr, trindstarr, gullpudra, rosenpilört, kärrstjärnblomma och kärrbräken. Fågellivet är rikt med bl.a. näktergal, svarthätta, rödvingetrast, järnsparv och ibland gärdsmyg.
Ugglevikens tillflöden utgörs till stor del av dagvatten från institutionsområdena norr om Valhallavägen. Utflödet går under Husarbron till Husarviken. Inom tillrinningsområdet finns vägar med hög trafikintensitet, främst Björnnäsvägen som går rakt igenom Nationalstadsparken, samt Drottning Kristinas väg vid Tekniska Högskolan. Markområdet förvaltas av Kungl. Djurgårdens Förvaltning (KDF).
Vattenkvaliteten i Uggleviken är inte undersökt.