Trekanten påverkas, i likhet med majoriteten av vattenförekomsterna i Stockholm, av historisk belastning och av att området kring sjön har förtätats vilket har lett till att livsmiljön för djur och växter förändrats samt att andelen hårdgjord yta ökats med ökad belastning av dagvatten som följd.
Ett av de huvudsakliga problemen i Trekanten är förhöjda halter av föroreningar som påverkar miljön för växter och djur. Föroreningar som förekommer i förhöjda halter i Trekanten är antracen, tributyltenn (TBT), perfluoroktansulfonsyra (PFOS), bromerade difenyler (PBDE), polyklorerade bifenyler (PCB), koppar, bly och kadmium.
Fosforhalterna i Trekanten motsvarar hög status. Nuvarande fosforhalter är dock delvis ett resultat av att det tillförs dricksvatten till sjön för att förbättra vattenomsättningen och att en fosforfällning utfördes 2011.
Den fysiska livsmiljön är påverkad genom förändringar av strandlinjen, utfyllda områden och anlagda ytor. Förbättringsbehovet omfattar att skydda och återskapa grundområden och naturliga strukturer.