Årstaviken påverkas, i likhet med majoriteten av stadens vattenförekomster, av att området kring sjön har förtätats vilket har resulterat i att livsmiljön för djur och växter förändrats och att andelen hårdgjord yta ökats med ökad belastning av dagvatten som följd.
Föroreningar som förekommer i förhöjda halter i Årstaviken och gör att god status inte uppnås är antracen, tributyltenn (TBT), perfluoroktansulfonsyra (PFOS), bromerade difenyler (PBDE), polyklorerade bifenyler (PCB), koppar, bly och kadmium.