Den sammanvägda statusbedömningen av fisk i sjöar görs med hjälp av tre multimetriska index: EQR8, AindexW5 samt EindexW3. Fiskindex EQR8 ger en bild av generell påverkan medan AindexW5 visar på försurning och EindexW3 har utvecklats för att påvisa näringspåverkan. För att bedöma status görs en sammanvägd bedömning av de index som är relevanta. I vissa fall görs en expertbedömning av status, exempelvis för Brunnsviken eftersom det saknas bedömningsgrunder för fisk i kustvatten.