Utsläppet av renat avloppsvatten från Bromma avloppsreningsverk överfördes från Mälaren till Saltsjön 1989. Halterna av fosfor och kväve har därefter minskat och är idag måttligt höga. Klorofyllhalterna är också måttliga. Siktdjupet har varit stort, men har de senaste åren minskat kraftigt, liksom i övriga delar av Östra Mälaren.
Algblomningar med stort inslag av blågröna alger var tidigare vanliga under sensommar och tidig höst, men har nu blivit ovanliga. Syrehalten i bottenvattnet är varje år mycket låg mot slutet av sommaren. Enstaka år, då salthalten varit förhöjd, har svavelväte förekommit på det största djupet. Badvattenkvaliteten vid Långholmens båda badplatser är god.
Halterna av antracen, bly, kadmium, koppar och tributyltenn (TBT) i sedimenten samt halterna av perflouroktansulfonsyra (PFOS) och polyklorerade bifenyler (PCB) i fisk medför att god vattenstatus inte uppnås.
För mer information om miljökvalitetsnormer och statusklassning, se länk till VISS längst ner på sidan.