Vattenmiljön för djur och växter i Judarn bedöms motsvara måttlig ekologisk och ej god kemisk status. Klassningen av status är inte baserad på om det innebär risk för människor och djur att bada i vattnet. Läs mer om stadens badplatser och aktuell badvattenkvalitet under fliken Badvatten.
De dominerande nuvarande och historiska källorna till miljögifterna i sjön är tillförsel av ämnen som transporteras med dagvatten. Dagvatten från exempelvis bebyggelse, parkeringar och vägar för med sig miljögifter till sjön. Andra potentiella källor är förorenade områden. Till skillnad från många andra vattenförekomster i Stockholms län, har Judarn ingen näringsämnesproblematik.
Statusklassningen av en vattenförekomst speglar den befintliga vattenkvaliteten utifrån den miljöövervakning som utförs. Judarn klassas sedan 2022 inte som en vattenförekomst, men påverkan på Judarn får inte bli så stor att miljökvalitetsnormerna inte kan följas eller riskerar att överskridas i vattenförekomsten Mälaren-Fiskarfjärden.
