De dominerande nuvarande och historiska källorna till miljögifterna i sjön är tillförsel av ämnen som transporteras med dagvatten. Dagvatten från exempelvis bebyggelse, parkeringar och vägar för med sig miljögifter till sjön. Andra potentiella källor är förorenade områden.
Statusklassningen av en vattenförekomst speglar den befintliga vattenkvaliteten utifrån den miljöövervakning som utförs. Judarn klassas sedan 2022 inte som en vattenförekomst, men påverkan på Judarn får inte bli så stor att miljökvalitetsnormerna inte kan följas eller riskerar att överskridas i vattenförekomsten Mälaren-Fiskarfjärden.
Den ekologiska statusen bedöms till måttlig baserat på bedömning av artsammansättningen av bottenlevande djur, som domineras av föroreningståliga arter.
Judarn uppnår ej god kemisk status med avseende på PFOS i vatten, samt antracen, bly och kadmium i sediment. Dessa ämnen härstammar troligen från trafikerade vägar i närheten.
Till skillnad från många andra vattenförekomster i Stockholms län, har Judarn ingen näringsämnesproblematik.
