Stadens egen miljöövervakning av parametrarna ammoniak och påverkan på bottenfauna visar på måttlig ekologisk status. Klassningen bedöms dock som osäker då miljöeffekterna för biologiska faktorer som bottenfauna och fisk är svåra att utvärdera då gällande bedömningsgrunder inte är anpassade för Kyrksjön storlek och förhållanden. En potentiell källa till ammoniak är användande av gödsel inom de kolonilottsområden som finns i Kyrksjöns avrinningsområde.
Kyrksjön uppnår ej god kemisk status med avseende på PFOS i vatten. Övningar och åtgärder där brandskum nyttjats utgör en potentiell källa till de förhöjda halterna av PFOS i sjön.