Statusklassningen av en vattenförekomst speglar den befintliga vattenkvaliteten utifrån den miljöövervakning som utförts. Magelungen bedöms ha otillfredsställande ekologisk status och uppnår inte god kemisk status. Flera av de ekologiska kvalitetsfaktorerna får otillfredsställande eller måttlig status och utslagsgivande för den ekologiska statusen har varit växtplankton. Även hydromorfologin, det vill säga den fysiska miljön, bedöms till otillfredsställande på grund av att flera vandringshinder förekommer nedströms sjön. Gällande den kemiska statusen överskrids fastställda gränsvärden för bromerade difenyletrar (PBDE), kvicksilver, perflouroktansulfonsyra (PFOS) och tributyltenn (TBT) i vatten, biota eller sediment, vilket medför att god kemisk status inte uppnås.
Övergödning, miljögifter, fysisk förändring av livsmiljöer och ett förändrat klimat är frågor som också fortsättningsvis måste vara i fokus i arbetet med att förbättra miljötillståndet.