Sedan 1970-talet har halterna av fosfor och kväve minskat i Lillsjön, men vattnet är fortfarande mycket näringsrikt. Minskningen beror troligen på förbättringar av avloppsnätet som gjordes under 1980-talet. Orenat avloppsvatten antas dock fortfarande komma till sjön från koloniområdena.
Klorofyllhalten är dock fortfarande extremt hög och siktdjupet är därför mycket litet, under sommaren ca 0,5 meter. Bakterietalen är däremot låga.
Blågröna alger förekommer i stort antal under sommaren och syrehalterna är ibland låga i bottenvattnet. Under vintern är syrehalterna mycket låga och svavelväte kan förekomma i en stor del av vattenmassan.
Sedimenten innehåller höga halter av koppar och nickel medan övriga metallhalter är måttliga. PCB-halterna är mycket höga och PAH-halterna är måttliga. Föroreningarna har troligen till stor del kommit från verksamheter som nu är nedlagd.
För mer information om miljökvalitetsnormer och statusklassning, se länk till VISS längst ner på sidan.