Halterna av fosfor har minskat med tiden. Dock är halterna av fosfor och klorofyll i vattnet fortfarande höga och pendlar mellan måttlig till otillfredsställande status. Siktdjupet är litet, knappt 2 meter. Vattnet är oskiktat både sommar och vinter. Bakterietalen mitt i Klara sjö är höga och överskrider ofta gränsen för otjänligt badvatten.
Bottnarna i Klara sjö är starkt förorenade av metaller och organiska ämnen, främst olika tjärämnen. Föroreningarna har troligen till stor del kommit från verksamheter som nu är nedlagda - verkstäder, industrier, sjukhus och det gasverk som låg i Klara. Den stora tillförseln av dagvatten från trafikerade ytor och omkringliggande mark torde också vara en bidragande faktor.
För mer information om miljökvalitetsnormer och statusklassning, se länk till VISS längst ner på sidan.