Dagvatten från Blekholmstunnelns och Klaratunnelns trafikytor innehåller förhöjda halter föroreningar (tungmetaller, korrosions- och förslitningsprodukter från fordon, beläggningsmaterial, olja m.m.). Detta dagvatten leds tillsammans med spillvatten i det kombinerade ledningssystemet till reningsverken och förorenar där avloppsslammet.
Enligt Stockholms stads dagvattenstrategi får inte avloppsvatten från spolning av vägtunnlar ledas till recipienter eller avloppsreningsverk utan föregående rening. I syfte att rena detta vatten har därför en sedimenteringsanläggning uppförts i det befintliga serviceutrymmet mellan Blekholmstunnelns norr- och södergående tunnelrör. En ombyggnation har också gjorts av pumpstationerna som hör till Klaratunneln. Projektet har varit finansierat av Miljömiljarden.