Klorofyll är ett grönt färgämne som medverkar i växternas fotosyntes vid omvandlingen av ljusenergi till kemisk energi. Det finns olika typer av klorofyll. Klorofyll a förekommer i alla slags planktonalger och är ett enkelt, men inte särskilt exakt, mått på mängden alger i vattnet.
Klorofyll klassas som en ekologisk kvot (EK), vilket baseras på ett individuellt referensvärde för var sjö. Klassgränserna för klorofyll beror på sjöns vattentyp, vilket baseras bland annat på medeldjup, humusinnehåll och var i Sverige sjön ligger.