Enligt länsstyrelsens MIFO-inventering finns det nio potentiellt förorenade områden inom Stockholms stads del av Bällstaån avrinningsområde. Det har utförts en översiktlig miljöteknisk undersökning inom två fastigheter med riskklass 2, där det tidigare legat en försilvringsfabrik och en sliperi- och förnicklingsfabrik. En genomgång av befintliga underlag behöver göras för övriga områden med möjliga markföroreningar i syfte att identifiera vilka som kan utgöra källor för de miljöfarliga ämnen som förekommer i förhöjda halter i Bällstaån. Resultaten bör utvärderas tillsammans med provtagning av tillflöden till Bällstaån via dag- och grundvatten. Beroende på vad källspårningen visar kan åtgärder sedan behöva vidtas för att minska tillförsel av föroreningar och lämpliga reningsmetoder kan behöva utredas.
Utöver utpekade MIFO-objekt bör en kartläggning göras av bland annat strandnära områden där fyllnadsmassor använts och områden med fyllnadsmassor där tidigare grundvattenundersökningar påvisat föroreningar. Detta i syfte att identifiera områden som riskerar att påverka vattenkvaliteten i Bällstaån.